lo del slasharguments se define en la pantalla de "Administracion Variables" y es necesario para que todos los enlaces relativos (imágenes, otras páginas, flash...) funciones en Moodle. El applet de java es llamado, supongo, desde la página html con un enlace relativo y eso necesita que el "slasharguments" funcione en tu servidor.
Qué error te dá el java plugin? ClassNotFound o algo parecido? Eso podría confirmar que no encuentra el applet.
Si quieres (puedes) envíame el ficherito comprimido, tal y como lo subes al servidor y lo pruebo...
Ciao