バージョンが1.7になってから機能が拡張されているので、バージョンを明記して頂くと良いと思います。
基本的には、フィールドを作り、それにデータを入れるという構造になっています。いまのところ、私(達)は文献、図書リストのようなものに使用しています。Moodle のデータベースは、教師のためというよりは、学生の書き込んだエントリを評価するような学生と共同で作り上げる課題になっていると思います。
セキュリティというのは、学生からは見えないようにするということでしょうか？ その程度ならば、1.7以前ならば、「学生からは隠す」を使用し、1.7以降ならば、さらにロールによる機能のオーバーライド等で細かく設定できるようになります。
もっと高度なセキュリティが必要であるならば、それに関しては私はわかりません。現在のところ、Moodle の管理者(Admin User)からは全部見えてしまうと思います。
バージョン1.7以後になって大きく変化した点は、エントリの入力フォームや、表示の形式を編集できるようになった点だと思います。