Ola lucas
eu também estou tendo esse tipo de problema, pois ao instalar o moodle através do Fantastico o diretório uploaddata fica dentro da pasta /home/public_html/uploadata, sendo que o certo seria ele ficar fora dessa pasta /home/uploaddata.
Lendo outros tópicos do fórum descobri que para configurar o caminho do diretório é apenas editar o arquivo config.php colocando o caminho correto do uploaddata.
Mas como se faz dar permissão ao usuário do Apache?