Ciao Salvatore,
come saprai Moodle è scritto in PHP, che è un tipico linguaggio di scripting per applicazioni web (semplifico parlando di "linguaggio").
Come per molti linguaggi di questa categoria è molto difficile separare i layer.
Ogni "pagina" php svolge il lavoro di tutti i layer.
Più che altro Moodle mette a disposizione una serie di funzioni di libreria con le funzionalità più comuni (che costituiscono le API standard).
Queste funzioni sono separate tra funzioni di presentazione, funzioni "di business" e funzioni di accesso ai dati, ma la separazione è arbitraria ed è data più che altro dal file di libreria dentro al quale è definita.
Tutte le pagine php di Moodle hanno una serie di include standard in modo da avere a disposizione tutte le funzioni delle API base, sia le configurazioni globali.
Per il resto esistono delle regole da seguire (non troppo documentate, devo dire...) per scrivere dei plugin compatibili. Ad esempio Blocchi, Moduli (attività), plugin di autenticazione o iscrizione.
Spero questo si avvicini vagamento a quello che ti serviva sapere.
Lorenzo