Problemas Generales

He actualizado mi moodle de la version 1.7 a la version 1.8+
Todo estaba bien hasta que comence a modificar los recursos ya existentes.
En la imagen de actualizar, aparece la ruta como se muestra a continuacion:

http://misitio.com/course/mod.php?update=609&sesskey=twnTkChdup&sr=0

pero no se por que razon, al dar click aparece en el URL la siguiente direccion:

http://misitio.com/moodle/course/modedit.php?update=609&return=0

Como puede verse, agrega la carpeta moodle al url y obviamente me manda automaticamente el error 404
si quito la carpeta moodle del url, funciona perfectamente, de la siguiente manera
http://misitio.com/course/modedit.php?update=609&return=0
La carpeta moodle dentro de la carpeta base moodle no existe y me marca el error
Alguien podria ayudarme, sobre todo si es un problema de configuracion del servidor
De antemano muchas gracias