MYSQLにかぎらずRDBではsqlを使って制御およびデータを渡しますが、この全体をひとつの文字列として渡します。この文字列から制御命令やデータを取り出すために制御文字が必要です。\や'や''など、たくさんの制御文字を使いますので、RDBが１バイト文字にしか対応していなければ、データ中にこれらの文字を含むときはあらかじめエスケープしなければ使えません。（英語データ中に制御文字を含む場合も同じです。）
最近のRDBは日本語対応になっていて、使える文字コードの指定もあるので、複数バイトコード中の制御文字はデータの一部として認識するようになっているはずだと信じているのですが、確かめたわけではありません。
怖いので、EUCかUNICODEのどちらかしか使っていません。