Hola Teresa. En efecto, al subir páginas HTML a Moodle debes verificar que los vínculos en ellas apunten a la dirección dentro de la estructura de archivos de tu Moodle de la siguiente manera:
1. Verifica cuál es la carpeta donde se están almacenando los archivos del curso donde quieres que se vea tu página. Ejemplo: Ingresa al curso y pulsa el enlace "Archivos" en el bloque "Administración", ubica el mouse sobre algún recurso. Debes ver algo como
http://tu.sitio/tu.moodle/file.php/9/tu.página.html
El número "9" es la carpeta dentro de "moodledata" (o como quiera que hayas denominado el directorio de datos de Moodle) donde se están almacenando los archivos de ese curso en particular, y "tu.página.html" sería la página web que deseas visualizar. Sería deseable cargar tu página y los archivos a los que enlaza en su propia carpeta para facilitar la gestión de los contenidos, en cuyo caso la dirección quedaría
http://tu.sitio/tu.moodle/file.php/9/directorio.de.la.página/tu.página.html
2. Edita tu página web para que los enlaces apunten a la dirección según lo anteriormente señalado. Lo mismo aplica para los enlaces a recursos dentro de los bloques HTML que puedes colocar en la columna derecha o izquierda de Moodle. Eso es todo para resolver tu problema.
Cordiales saludos y cualquier duda adicional nos avisas por este medio.