Moodle, sólo tiene en cuenta las unidades o contenidos que se han visto, (las únicas de las que tiene información) , y salvo que configures el scorm para que pondere esta puntuación respecto al total, con sólo ver una unidad, la calificación es del 100%.
Configura las calificaciones de tu scorm, ajustando el valor como calificaciones sumadas, y en el libro de calificaciones, divide este valor entre 2 SCO´s ( mediante la opción del multiplicador ) así conseguirás que el porcentaje coincida con la realidad.
Saludos