Buenas
Sé que hace mucho desde este mensaje, pero me acabo de incorporar a Moodle.
Aun así posteo este mensaje ya que, en tanto en cuanto ha sido una dificultad para mí, supongo que a alguien le facilitará la vida.
Yo creo en Excel el archivo de CSV exportándolo normalmente.
Dentro de Moodle cuando le doy a subir usuario eligo la codificación de Windows-1252.
Con esta codificación no da ningún problema con las tildes.
Supongo que lo habrán mejorado en las distintas actualizaciónes que ha habido desde entonces en Moodle.
Saludos