Claro que si,
Cada estudiante (user) tiene un campo en su informacion personal llamado Numero de ID (idnumber) que deberia estar lleno antes de generar el certificado.
Se debe a ir a la ruta \certificate\type\ alli escoger la carpeta con el Tipo de certificado que se escogio a la hora de crear la Actividad Certificado y editar el archivo certificate.php.
Tipo de Certificado
Se debe adicionar la siguiente linea:
cert_printtext(58, 570, 'C', 'Times', '', 10, utf8_decode($USER->idnumber));
Los numeros en rojo indican la posicion de la Cedula dentro del certificado