Pour compléter ce que dit Étienne, le problème pour les institutions n'est pas tant la sécurité ou la fermeture du protocole que le fait que Skype utilise le peer-to-peer pour fonctionner, et ponctionne donc une partie de la bande passante des réseaux sur lequel il tourne.
Voir ici : http://www.rootsecure.net/content/downloads/pdf/skype_protocol.pdf et ici : http://www.skype.com/products/explained.html.