Una opción es que tengas una página principal donde incluyas vínculos para ingresar a Moodle, recuperar clave, ir a la lista de cursos, cursos individuales, etc. Algo que me ha sido muy útil es una lista desplegable de accesos rápidos, con vínculos a los cursos de más demanda.
Yo implementé eso en mi sitio (http://fruticultura.agroweb.us) y sólo se accede a la página principal de Moodle cuando pulsas el enlace en la barra de navegación. De resto, los usuarios prácticamente no la ven.
Espero te sea de utilidad. Cordiales saludos.