efectivamente, el tema de los acentos, eñes y otras particularidades es un problemilla. Pero no solo en Moodle, sino en prácticamente cualquier página web.
De hecho, creo que resulta altamente recomendable no utilizar ningún caracter extraño, espacio o signo de puntuación en los nombres de los ficheros, por problemas, entre otros, como el que tú comentas.
Recientemente se ha hecho algún avance en Moodle en la dirección de intentar remplazar esos caracteres de forma automática aunque, evidentemente, hacerlo dentro de los archivos comprimidos y/o enlaces dentro de páginas no creo que sea factible.
Así que creo que lo mejor es utilizar únicamente caracteres estándar desde el comienzo y no poner a los ficheros esos nombres. Te ahorrarás un montón de problemas.
Ciao