cuando te refieres a "Cambios de Apariencia" quieres decir que has editado/creado alguno de los temas existentes de Moodle o que te has puesto a editar manualmente las páginas para darles la apariencia que quieres?
Lo digo porque realizar cambios directamente sobre las páginas no es una opción nada recomendable ya que, con cada actualización que realices perderás todo el trabajo y además, es relativamente sencillo hacer algo que produzca un malfuncionamiento de Moodle.
Por ello, te recomiendo que vuelvas a dejar tu instalación sin cambios, entonces vas al directorio themes y dupliques uno de ellos (el que más se parezca a lo que quieres hacer). Entonces, cambiando los estilos/iconos... del tema, conseguirás personalizar tu servidor Moodle sin correr riesgos innecesarios. A lo mejor hay algo que no puedes personalizar al 100%, pero te sorprenderá comprobar todo lo que puedes hacer simplemente modificando el tema.
Espero que esto te ayude...ciao