A terminologia está um pouco confusa. Quando dizem "ambiente" estão se referindo a uma sala de aula virtual, curso? Porque "ambiente" propriamente dito é toda uma instalação do Moodle.
Se estiverem falando de uma sala de aula virtual dentro de uma instalação do Moodle... bem:
Para criar um novo curso vc deve ser administrador. Após duplicar um curso, pode alterar normalmente o segundo sem que o primeiro se altere, afinal foi criado outro curso. Creio que o layout que vc se refere se trata da estrutura do curso, não do layout propriamente dito, que implicaria na aparência da interface do curso. Se eu estiver certo, isso implica na resposta já dada, ou seja, vc pode alterar a estrutura do segundo curso sem alterar o da primeira, de onde foi originado o segundo.
Mas caso layout realmente se refira a aparência da interface do curso. Você pode fazer isso sim através de temas. Porém é importante que o administrador tenha configurado para permitir que diferentes cursos utilizem diferentes temas.
Atenciosamente
Giovanni Farias
Diretor da GFARIAS.COM
Moodle Partner Brasil
www.gfarias.com