Hallo Samuel,
ik werk als volgt:
Moodle is niet in de root van de webserver geïnstalleerd maar onder een eigen gebruiker zeg bv. moodle.
De map structuur op de linux machine is als volgt:
/home/moodle
+moodlebackup
+moodledata
+public_html
De bron code van moodle zit in public_html (toegankelijk voor de webserver).
Cron maakt wekelijks cursus backups in de map moodlebackup.
Van tijd tot tijd log ik, met het moodle account, in op de linux machine en haal de backup cursussen (zip-files) via winSCP over naar mijn laptop (XP-machine).
Mocht je geen shell account hebben op je linux machine dan doe je dit via ftp.
Beide andere manieren die jij voorstelt leveren je,volgens mij, geen meerwaarde op en kosten alleen tijd.
De tweede harde schijf zou dan voor mij de voorkeur hebben en die wordt dan gewoon gemount onder hetzelfde besturingssysteem.
De uitvoer van cron gaat dan naar de ge-mounte map.
Hopelijk heb je er wat aan ?