Разница в том, что notepad сохраняет файлы в "utf-8 Signature" — такие файлы можно смотреть большинством вьюэров, но вот при импорте файлов с кириллицей в moodle выскакивает ошибка. Notepad2 умеет сохранять файлы в "utf-8" — такие файлы нельзя корректно просмотреть вьюэром, н-р, totalcommanderа, но они отлично импортируются в moodle!