Revisa este enlace http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=31574 para tener una idea más cercana de lo que debes hacer. Lo malo es que está en inglés.

La manera mas sencilla de enlazar una aplicación flash es usando un recurso de tipo "Enlace a archivo o página web". Debes tener en consideración que para poder usar aplicaciones flash debes configurar los filtros de moodle que se encuentran en "Módulos->Filtros->Plugins Multimedia" y habilitar filtro swf para que los profesores puedan utilizar dicho tipos de archivos. Si el que lo hace es el administrado no es necesario.

En cuanto pueda te mande un ejemplo usando el tag <OBJECT> apuntando a una aplicación flash en el mismo servidor donde se encuentre instalado el moodle.

Espero que la información sea de ayuda