В общем первое решение оказалось дурацким и в переводе править ничего не надо... Надо в moodlelib.php в функции send_confirmation_email
в строке
$data->link = $CFG->wwwroot .'/login/confirm.php?data='. $user->secret .'/'. $user->username;
$user->username обработать функцией urlencode
Т.е. получим:
$data->link = $CFG->wwwroot .'/login/confirm.php?data='. $user->secret .'/'. urlencode($user->username);
Потестировал, вроде все нормально работает...