Hola Víctor. Nunca me ha surgido ese caso, pero te cuento lo que yo intentaría por si os sirve de algo.
Si los archivos no han desaparecido, y no es posible solucionar el problema reparando la base de datos, creo que haría falta una copia de seguridad del curso previa a la pérdida de las tareas.
La copia de seguridad puede contener tanto las tareas y sus calificaciones como los datos (los archivos de alumnos) si se seleccionaron las opciones adecuadas al realizarla.
El problema está en que si restauramos la copia de seguridad anterior completa se perderá toda la actividad que se haya producido desde entonces en el curso.
Supongo que para evitar esto el primer paso sería restaurar la copia de seguridad anterior como nuevo curso, oculto para los alumnos, y ver que es lo que se tiene. Si esta copia restaurada contiene lo que queremos, habrá que restaurar la misma copia de seguridad en el curso donde se produjo la pérdida pero sólo restaurando tareas y datos.
Espero que sirva de ayuda. Un Saludo.