Existe un componente llamado JOOMDLE que te hace ese trabajo, si lo instalas en Moodle y su correspondiente pluggin en joomla, te sincroniza los usuarios, te los da de alta automáticamente desde moodle a joomla o viceversa y te puedes identificar en joomla y acceder directamente a Moodle.
Es la mejor herramienta para usar las 2 plataformas como si fuese una sola.