Bueno no soy en experto en moodle pero deberias hacer esto
1)Tener en cuenta las dimensiones de tu swf
2)Abrirlo con dreamweaver y colocar el swf , para poder colocarlo debes de tener conocimiento del dreamweaver , una opcion seria que pongas el puntero del mouse donde deseas el swf presiona ctrl+alt+f y te aparecera un cuadro para que pongas la ruta .
Bueno espero que esto te sirva