Я конечно разозлю любителей линукс, но на виндоус все проще (хотя может быть длиннее).
Я перешел на 1.6 заменой папки moodle. Сделал миграцию, как и вы, курсы все преобразовались в юникод. УРА!? Смотрю, названия месяцев абракадабра. Потом вспомнил, что версия mysql более поздняя.
Сархивировал все курсы, установил заново весь пакет, и восстановил курсы.
Все заработало!!!
Единственно, что позарившись на более свежую версию 1.6.1 я получил предупреждения, смысл которых не понимаю и не знаю, как избавиться. Наверное и другие коллеги не знают, потому что мне никто на вопрос не ответил.
Но все работает.