Hola:
Encontré la solución: en el fichero parse-webct-xml.php que está dentro de la carpeta webctimport y es el que analiza el fichero imsmanifest.xml de los cursos importados, he añadido lo siguiente en la línea donde se crea el parseador:
$parser= xml_parser_create("ISO-8859-1");
xml_parser_set_option($parser, XML_OPTION_TARGET_ENCODING, "ISO-8859-1");
Espero que le sea de ayuda a alguien.