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Hola Jose, a que te refieres con "simplicidad del codigo a la hora de integrarse con otros sistemas"?, ambos son codigo abierto y por lo tanto el codigo es modificable y ambos cuentan con funcionalidades de autenticacion(listas externas de usuarios). Ahora si se trata de cantidad de codigo y funcionalidades, efectivamente Claroline es mas liviano en comparacion a Moodle.

La pregunta de cual es mejor es relativa, ambos funcionan(maduros y minimos errores), ambos no cuestan, ambos son LAMP(Linux, Apache, MySql y PHP o Perl), ambos son eLearning(por efficient Learning) y ambos son codigo abierto y modificables.

Lo mismo podemos decir en cuanto a ventajas y desventajas, depende del criterio a utilizar: +base instalada(Moodle), +documentacion(Moodle), +funciones(Moodle), +rapida implementacion(Claroline), + rapida modificacion(Claroline), +rapido aprendizaje codigo(Claroline), +rapido aprendizaje uso(Claroline).

Lo que se debe tener en cuenta que estas herramientas no son sistemas llave en mano, si bien es cierto que su instalacion es casi automatica, la implementacion y uso requieren de un proceso largo de aprendizaje. Creo la mejor opcion seria instalar ambos, y otros si se desea, y someterlos a practica y evaluacion intensiva, como herramientas de investigacion y desarrollo en lo que respecta a software se adaptarian muy bien a cursos de 2do o 3er año de Ingenieria de Sistemas.