De facto há esse handicap do FenixEDU ser em Java.
Uma das coisas que estive a pensar que tinha bastante potencial era uma implementação em PHP, desenvolvendo a partir por exemplo do Joomla.
A grande vantagem do Joomla é que já tem uma possibilidade de integração como módulo do Moodle.
Na diversidade de módulos que o Joomla tem, há coisas que podem ser utilizadas para auxilio à construção de uma secretaria virtual.
Há coisas de LDAP, CRM, e várias outras opções.
A opção de utilizar o MySQL como prncipal fonte de dados, tb seria algo a considerar.
De qualquer modo eu vou deixando aqui informação sobre o modo como isto avança com o FenixEDU. Embora de momento veja programação e linha de código a mais no horizonte (vejo sempre isto como nuvens negras, embora a chuva também possa ser por vezes agradável