Переназначение владельца и группы на файлы и каталоги:
sudo chown [имя php-пользователя]:[имя php-группы] -R [путь к каталогу с Moodle]
Переназначение полномочий на файлы и каталоги:
sudo find [путь к каталогу с Moodle] -type f -exec chmod 0440 {} +
sudo find [путь к каталогу с Moodle] -type d -exec chmod 0550 {} +
Если на сервере активирован SELinux в боевом режиме, то необходимо добавить в его политику правило назначения меток доступа и дать команду на переназначение меток в соответствии с этим правилом (скорее всего, это не Ваш случай, но для полноты картины про полномочия к файлам пусть будет в этом посте):
sudo semanage
fcontext -a -t httpd_sys_content_t '[путь к каталогу с Moodle](/.*)?'
sudo semanage
fcontext -a -t httpd_sys_rw_content_t '[путь к файловому хранилищу Moodledata](/.*)?'
sudo restorecon -vR [путь к каталогу с Moodle]
sudo restorecon -vR [путь к файловому хранилищу Moodledata]