Добрый день!
Отключая вопросы категорий (переводя в черновик) вы рискуете получит ситуацию, когда ваш этот же вопрос уже используется в другом вашем или чужом тесте в качестве обязательного (не случайного, а на выбор из банка вопросов) и вы получите неработающий тест (так как вопрос в нем стал неактивным).
К тому же потом придется опять не забыть включать эти отключенные вопросы обратно.
А если вы не один используете банк вопросов, а совместно с другими преподавателями, то вы сможете нарушить работу чужих тестов. И второй преподаватель об этом никак не узнает...
На мой взгляд, раз вы меняете само тестирование, то создайте копию существующего теста. Старый можно скрыть (если нужно). Новый тест настройте в соответствии с новыми принципами с новыми наборами вопросов и т.п.
Для параллельного использования обоих тестов, вам нужно очень внимательно настроить категории своих вопросов. В одном тесте вы используете, например все вопросы из категории, включая дочерние категории со сложными и т.п. вопросами. А во втором тесте, где не нужна часть вопросов, использовать только вопросы из родительской категории, но не использовать из дочерней.
И да, эти вопросы, что то показываются, то нет, должны быть в отдельной категории.
На мой взгляд удобнее работать с одной большой сущностью (элемент курса тест), а не с десятком мелких сущностей - вопросами.
Банк вопросов надо очень внимательно настраивать.