Ciao Daniele,
immaginavo uno scenario simile per il tuo caso ed è sicuramente tipico di tante altre situazione sia in HQ con MoodleCloud sia con Moodle Partner che vogliano fare installazioni unattended.
Sto pensando sia a "Eloy Lafuente" e "Andrew Lyons" ma anche ad altri come "Brendan Heywood" o ancora Andrea (Bicciolo).
Sicuramente ognuno di loro ha consolidato un metodo di lavoro e sarebbe meglio farne tesoro, renderlo pubblico (Wiki) ed eliminare tutte le opportunità che non sono usate e che magari creano bug come quello che hai scoperto tu.
HTH,
Matteo