Oui, comme le dit Séverin, il faut désinstaller les thèmes en passant par l'administration du site et non pas en supprimant le dossier.
J'avais indiqué que tu pouvais supprimer le dossier du thème /base parce que tu n'arrivais plus à accéder à ton Moodle mais c'est vraiment une solution extrême...