Я с таким сталкивался на версии 2.5 (или раньше) когда еще в мудле свое файлохранилище было. Видеоролик в одном курсе был, вот из-за него шли косяки и с бэкапами и с копированием. Периодически запускал диагностику СУБД через phpMyAdmin и по этим рекомендациям параметры выставлял.