Hola, Fredy.
Junto con la BD, te recomendaría hacer también backup a la carpeta 'moodledata', en el mismo momento y poniendo el sitio en modo mantenimiento.
De esta forma evitarás inconsistencias y tu plataforma durará mucho tiempo sin dar problemas.
Si alguna vez tuvieras que restaurar el sitio, debes sustituir BD y carpeta moodledata a la vez con la última copia correcta llevada a cabo en el mismo momento.
Saludos.
JP