Hola, Rafael.
Me temo que, si tienes inconsistencias, tu carpeta 'moodledata' y/o tu Base de Datos han sido restauradas en momentos diferentes.
A cada archivo almacenado en 'moodledata' le corresponde un registro en la BD y viceversa. A cada registro de la BD, corresponde un archivo en 'moodledata'.
Por este motivo, las copias de seguridad de la plataforma han de hacerse en el mismo momento, tanto de la carpeta 'moodledata' como de la Base de Datos, PONIENDO EL SITIO EN MANTENIMIENTO, de manera que NADIE pueda escribir y modificar algo en la plataforma mientras se están llevando a cabo las copias.
Y, cuando se restaura, por ejemplo, la Base de Datos, DEBE TAMBIÉN RESTAURARSE la carpeta 'moodledata' correspondiente al momento en que se llevó a cabo la copia que se está restaurando.
En algunos servicios de hosting que te "venden" que hacen las copias de las bases de datos diarias, NO SIRVEN (según mi experiencia) porque no se ha copiado 'moodledata' de la manera descrita anteriormente.
Si posteriormente restauran la base de datos, por cualquier "mantenimiento" que haya tenido que llevar a cabo el proveedor del servicio del hosting, ya te han estropeado el sitio.
La única forma de solución (al menos que yo conozca) es que tú tengas una copia de 'moodledata' y de la Base de Datos hecha de la forma que te he comentado y que puedas restaurar tú mismo.
Por supuesto, volverás al momento en que se llevó a cabo dicha copia y perderás en tu plataforma todos los cambios realizados desde entonces.
Si consiguieras esto, y recuperaras tu plataforma, hablaría con el hosting para que NO VOLVIERAN a restaurar una copia de la BD sin antes consultarte o que tú hicieras periódicamente copias de ambas tal como te he comentado, para poder recuperar tu sitio cada vez que el hosting haga algo similar. Pero esto no es operativo en absoluto. De allí que se recomiende en estos foros que, para un proyecto medianamente serio, se utilice al menos un VPS cuando no un servidor dedicado.
Cuéntanos si finalmente consigues recuperar tu sitio o si el problema se debía a otro motivo.
Gracias, y un saludo.
JP