В четвертой версии тоже есть очистка курсов, правда она запрятана поглубже. Открываете курс, сверху в меню курса, выбираем Подробнее - Повторное использование курса. В открывшемся окне переключатель - Импорт - Резервное копирование - Восстановить - Копировать курс - Очистка. Именно Очистка вам и нужна. Запускаете, можете удалить оценки, группы, попытки прохождения тестов, задания, причем, вместе с работами студентов. Останется чистенький курс. Место на диске освободится порядочно.
Офтопик. Вопрос. Смогли установить на главной странице большой логотип своей организации? Или как у всех - текстовое название сайта?