Файлы курса хранятся в moodledata,
остальной контент хранится в базе данных (включая информацию, из каких элементов курс состоит),
тема оформления и модули хранятся в папке веб-сервере (обычно htdocs).
Для корректного восстановления все три компоненты должны быть скопированы в один и тот же момент времени.
Чудес не бывает, поэтому если на момент создания дампа бд, курс состоял из ссылок, то и после разворачивания будет состоять из ссылок, а если состоял из видео файлов - то и после восстановления в курсе будут они. Ситуация, когда дамп "правильный", а отдельный курс "остался старым" невозможна физически. Такого впринципе не может быть и если курс старый, то и дамп старый. Друго не дано.
Наличие каких-либо файлов в moodledata не гарантирует их отображения в курсе: без ссылки из базы данных они "не подцепятся" и будут удалены сборщиком мусора.
Состоит ли курс из ссылок или из видео - это контент, структура курса, а не его оформление. Не называйте это оформлением, когда задание вопрос инженерам, они вам не поймут