Много всего делали одновременно. Основная ошибка - считаю, нужно было сначала сделать правильную миграцию сайта на новое доменное имя, потом - все остальное. Читать здесь:
https://docs.moodle.org/311/en/Moodle_migration
https://docs.moodle.org/311/en/Moodle_migration