jestli se dá nastavit celková velikost jednotlivých kurzů
Nedá. Existuje pouze nastavení pro limit velikosti jednotlivých souborů, ale ne pro jejich počet. Můžete vyzkoušet doplněk https://moodle.org/plugins/report_coursesize a poté situaci řešit individuálně s vašimi vyučujícími.
Pokud máte možnost integrace s cloudovými úložišti (např. Google Drive nebo MS OneDrive), zvažte jejich využití. Velké soubory je možno uložit tam a v Moodle je zpřístupnit pomocí interního odkazování.
Pozor rovněž na správnou interpretaci údajů. Pokud je např. tentýž soubor nahrán do vícero kurzů, zabírá fyzicky místo na disku pouze jednou - i když se může jevit v různých kurzech a dokonce pod jinými jmény.