Para poder agregar la cedula en el certificado debes tener instalado el pluggin el https://moodle../plugins/mod_customcert
Cuando estes subiendo los usuarios desde una base de datos mediante un archivo con terminacion .csv debes agregar en tu excel una columna con el nombre de uno de los campos que reconoce moodle como por ejemplo departament y en ese campo coloca el numero de cedula
Posteriormente cuando este configurando la información que deseas se configure y salga en el certificado deberas solicitar que se agregue el campo elements buscas en una de estas opciones departament
y automaticamente ya podras contar con la cedula en tu certificado.