Using Moodleにも投稿されましたように、Moodleの次期バージョン「Moodle1.6」のリリースは4月末頃になりそうです。
http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=42016
Moodle開発者のEloyさんによるMoodle1.6のメールエンコード部分の開発も完了しましたので、日本語で文字化けするかどうかテストを行いました。文字化け等、問題なしです。
例えば、MoodleサイトのデフォルトエンコードをISO-2022-JPに設定して、ほとんどのメールソフトで文字化けが起きないようにした上で、ユーザ毎に自分が好きなエンコード ( Shift_JIS、EUC-JP、UTF-8、ISO-2022-JP ) を選択できるような設定も可能です。
Moodle1.6のベータ版 「Moodle 1.6 Beta 1」に関する最新情報は下記をご覧ください。http://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=42816