Buenos días.
Mi sugerencia es que nunca se cambien los archivos de Moodle ni los plugins instalados (en este caso, del Tema Adaptable). Nunca es buena idea hacerlo así.
Para eso que quieres hacer, Moodle ya tiene un sistema previsto. Lo puedes encontrar aquí:
Administración del sitio > Apariencia > Temas > Ajustes de temas > Ítems del menú personalizado
Únicamente tienes que incluir los menús y submenús de acuerdo con la sintaxis del ejemplo que ahí mismo puedes encontrar. Estos menús se mostrarán en la plataforma independientemente de que uses el Tema Adaptable u otro diferente.
Además de eso, específicamente cuando uses ese Tema Adaptable, tienes otro apartado para incluir menús y submenús adicionales, pero se muestran de forma algo diferente. Lo puedes encontrar en:
Administración del sitio > Apariencia > Temas > Adaptable > Settings > Menús de cabecera (lo verás como "pestaña").
Saludos
