Hola, Julio.
No se me ha dado el caso porque no suelo hacer copia de los cursos con los alumnos (o usuarios en general) incluidos ya que pueden ir cambiando.
Quizá es una tontería, pero, si fuera el caso de que esos usuarios ya no están inscritos en la plataforma, al ser solo 3, tal vez si das de alta a 3 usuarios nuevos con esos mismos nombres de usuario (si guardas sus datos completos originales, mejor) e incluyes todos los datos posibles similares a los originales, es posible que el sistema, al encontrarlos, pueda restaurar el curso.
Luego, a mano, desmatriculas del curso a dichos usuarios y finalmente los eliminas de la plataforma.
No estaría demás que, si sale todo bien, hicieras una nueva copia del curso y, si lo ves oportuno, sin incluir a los usuarios.
Por cierto, la copia de ese curso debe estar hecha con, al menos, la misma versión de Moodle donde la quieres restaurar. Si está hecha con una versión anterior, no funcionará.
Cuéntanos, por favor, cómo lo resuelves finalmente.
Gracias, y un saludo.
JP