Hola, Víctor.
Repasando los permisos del rol Gestor, veo que debería estar "permitida" la opción:
Eliminar cursos
moodle/course:delete
En el rol Gestor, al menos, en una instalación 3.5 por defecto, lo está.
No me queda claro si estás usando ese rol o directamente como Administrador de la plataforma, en cuyo caso, no hay configuración que valga ya que dicho rol tiene permisos para todo.
Por otro lado, el mensaje de error que te aparece no tiene que ver con borrar un curso sino, más bien, con hacer backups. Por tanto, quizá no permite borrar a un rol que no tiene la capacidad de hacer backup de un curso.
Podrías probar a revisar también esa opción para el rol que estés utilizando.
Copia de seguridad de los cursos
moodle/backup:backupcourse
O esta otra.
Restaurar cursos
moodle/restore:restorecourse
Y que, para el rol Gestor en Moodle 3.5, también estan ambas "permitidas" por defecto.
Si con el rol de Administrador tienes esos problemas, habrá que revisar la instalación con más detenimiento ya que sus permisos, además de totales, no son editables (al menos, que yo sepa) desde Moodle.
¿Has probado con otro navegador y/o desde otra máquina?
¿Has probado a borrar todas las cachés de Moodle previamente?
Cuéntanos, por favor, cómo lo resuelves.
Gracias y un saludo.
JP