grep-ом по дампу базы пройдитесь.

Сколько раз переносил moodle, но ни разу не приходилось менять путь к dataroot.
Посмотрел текущий дамп - там абсолютные пути только к geoip и models

Я изучал вопрос смены dataroot. В базе менять ничего не нужно. Только в конфиге.

Правда есть другая засада - если начать настраивать кеширование, то там есть абсолютные пути к кешу. Вот их нужно исправлять в случае перенноса. Эти настройки хранятся не в базе, а в файле moodledata/muc/config.php.

Еще есть проблема - это использование sendfile ($CFG->xsendfilealiases) . Для nginx нужно править пути в конфиге.