"не поддерживается" значит, что жалобы на работу этого модуля не принимаются на баг-трекер moodle. Это не значит, что он не работает.

Лучший вариант - Вариант сделать дамп, исправить его sed и залить обратно. Это лучше, так как скрипт "Поиск и замена в БД" обрабатывает только определенный список колонок, в которых, по его мнению и могут быть ссылки на рисунки.
Вариант со скриптом у вас через веб, естественно, не отработает до конца и отлетит по таймауту, потому что у вас большой объем базы. Есть вариант этого скрипта для командной строки, воспользуйтесь им. И все операции по обслуживанию moodle (в том числе обновления) в вашем случае уже нужно делать только через командную строку - там нет ограничения на время выполнения