Hallo!
1. Ist die Aufgabe richtig konfiguriert? In den Einstellungen der Aufgabe im Abschnitt Feedback-Typen muss die Option "Feedbackdateien" aktiviert sein. Dagegen würde ich die Optionen "Anmerkungen in PDF" (Standard, glaube ich) und weitere deaktivieren. Siehe https://docs.moodle.org/310/de/Aufgabe#Feedback-Typen
2. Normalerweise solltest Du - wenn Du auf dem iPad in der Aufgabe auf "Bewertung" klickst - eine Datei hochladen können. Wenn Du dort auf "Datei hinzufügen" klickst/tippst und im Filepicker "Datei hochladen" > "Durchsuchen" klickst, kannst Du evtl. (! s.u.) die PDF aus "Good Notes" hochladen.
3. Nutzt Du Moodle im Browser oder in der Moodle App? Oft rennt man unter iOS/iPadOS in das "Sandboxing-Problem" - die App-Architektur unter iOS/iPadOS funktioniert aus Sicherheitsgründen nach einer Sandbox-Logik. Soll heißen, alle Dateien sind oft in der App "gefangen", in der sie bearbeitet oder erstellt wurden. Daher kann der Browser (Safari?) oder die App bei dem Upload evtl. nicht auf die Dateien aus Apps wie "Acrobat", "Good Notes", o.ä. zugreifen.
Da hilft es oft, die Datei mittels "Share Sheet" in die iOS-Dateien-App zu verschieben, auf die kann oft leichter zugegriffen werden.
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LG,M