включите отладку чтоб посмотреть что выдает сам moodle, вполне возможно нужно просто увеличить время обработки и объем памяти/файла в php
собственно следующие параметры нужно проверить в первую очередь
upload_max_filesize
post_max_size
max_execution_time - данный параметр скорее всего у вас ключевой, поставьте значение в 600-900.