Hola Lucas,
mi primera sugerencia sería que si os habéis tomado el tiempo en crear un cuestionario en PDF, lo podéis pasar rápidamente a un cuestionario de Moodle🙂
Pero si queréis mantener esta metodología, una opción sería el taller. Hace años que no lo uso, pero existe la opción de autocalificar una tarea. Pero la configuración del taller es al principio bastante complicada y no sé si merece la pena.