У меня похожая ситуация, только похоже более серьёзная.
Начали ежеминутно создаваться бекапы в директории temp в moodledata на VDS сервере (CentOS-7-amd64, Moodle 3.10+), а именно в директории backup. Резервное копированив в Moodle отключено. В результате быстрого заполнения свободного пространства бекапами, возникают разные ошибки доступа к Moodle ( подключения к сайту, соединения с базами данных и т.п.). Обновление до Moodle 3.11 +ничего не дало.
Простое физическое удаление этих папок и файлов не помагает, так как сразу же ежеминутно начинают создаваться новые бекапы.
Помогло ли Вам простое физическое удаление этих файлов или же пришлось предпринять дополнительные действия и настройки?