для базы берете 2 SAS на 300 гигов 15к, для moodledata берете 2 sata на 10-16 тб 7,2к, под ось 1 ssd на 250 гигов и радуетесь жизни. с расчетом на 5-10 лет этих объемов с головой хватит. реализовывать виртуализацию смысла нет, тут проблем куча всплывает. хотя если обеспечите 1-5 гигабит, то почему бы и нет... вопрос сколько у вас запросов будет в итоге...
разрастание moodledata кстати вызвано неконтролируемым вами резервным копированием. настройте его и будет вам счастье. можно вывести резервные копии как раз на внешку (сетевой диск подключите и пишите на него в ночь, например... ну или с помощью scp кидайте на удаленный сервер).
у меня сейчас на 6000 юзеров и 7500 курсов moodledata всего 700 гигов и база 400 мб. только хранение видеоматериалов на видеохостинге