У вас не стоит, а в Мудл для Cron задачи прописаны, в том числе и очистка удаленных элементов. Поэтому Cron должен запускаться как можно чаще, желательно каждую минуту.
Пользуйтесь поиском по форуму, на днях отвечал на точно такой же вопрос: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=412851
Пользуйтесь поиском по форуму, на днях отвечал на точно такой же вопрос: https://moodle.org/mod/forum/discuss.php?d=412851